El origen del actual emplazamiento del casco urbano de Quesada parece ser de época visigoda, según los numerosos restos aparecidos en la localidad, como los capiteles que hoy jalonan el acceso al jardín de la parroquia. Pero fue en época árabe cuando Quesada adquirió entidad como núcleo de población. En los textos árabes aparece nombrada como Madinat o qal´at Qayyata, una fortaleza situada al pie de una alta montaña que ofrecía el aspecto de medina por sus mercados, baños, posadas y poblado arrabal. En esta época fue muy famosa su industria de platos y vasos de madera que fueron transportados y vendidos por todo Al-Andalus y el Magreb.

Desde la primera conquista cristiana por Alfonso VII en el año 1157, en los siglos siguientes cambió varias veces de manos entre los castellanos y andalusíes. En el año 1231 el rey Fernando III el Santo encargó al arzobispo de Toledo la empresa de tomar la plaza de Quesada. Junto con Quesada se apoderó de otras poblaciones que fueron cedidas por el rey a la iglesia toledana y que más tarde constituirían el Adelantamiento de Cazorla. Pero incluso después de la conquista del Arzobispo los ataques a la población no cesaron. Así, en los años 1290, 1295 y 1299 Muhammad II de Granada conquistó y arrasó el arrabal, y luego lo volvió a conquistar su descendiente Muhammad III en 1302. En 1310 volvía a ser recuperada por el ejército de Fernando IV. En 1319 fue conquistada Tíscar por el infante don Pedro, tío de Alfonso XI. En 1331 Quesada dejó de formar parte del Adelantamiento y fue cedida por Alfonso XI a la ciudad de Úbeda